Haapsalu Baptistikogudus on tekkinud XIX saj 70ndail aastail Läänemaal aset leidnud vaimuliku ärkamise tulemusena. Kogudus rajati Haapsalu vendade palvel siia sõitnud Peterburi Saksa Baptisti Koguduse vanema Adam Reinhold Schiewe juhtimisel. Kogudus asutati 24. veebruaril 1884, olles ajalooliselt esimene baptisti kogudus Eestis.
Haapsalu kogudus jäi Peterburi koguduse osakonnaks. Kohapealseteks juhtideks valiti Jüri Zeisig ja August Johannson. 1894st aastast töötab kogudus iseseisvana.
Haapsalu koguduse osakondadena tekkis kolm kogudust: Sutlepa, Vormsi ja Kärdla. Haapsalus peeti mitmeid konverentse. 1897 a konverentsil ühines suurem jagu priilasi baptisti kogudustega. 1900 toimus esimene ametlik liidu konverents ja juhatuse valimine.
Kogudus sai endale palvela praeguses asukohas aastal 1886, seda suurendati aastal 1909, tänapäevase kuju sai ta 1929.
Koguduse tööharusid. Kohe alguses seati sisse kassa koguduse, vaeste ja misjoni jaoks. Esimeseks tööharuks on õdede käsitöö ehk misjonitöö tunnid, kus valmistatu realiseeritakse misjonitöö toetamise eesmärgil. Laulukoori tegevus sai hoo sisse Andres Tetermanni asumisel Haapsallu 1886. Pühapäevakool asutati 1887. Schiewe juhtimisel korraldati 1890 kuuenädalane piiblikursus. Pillimäng on eraldi tööharuna aastast 1902. Noorsootöö sai tugevama aluse aastal 1918. Eesti taasiseseisvuse järel moodustati sotsiaaltöö komisjon abi vahendamiseks vähekindlustatutele.
Koguduses on pandud rõhku töötegijate haridusele, muusikatöö on seisnud tugeval järjel. Allianssmeel on loonud head suhted linna teiste kogudustega.
Koguduse juhtidena on peale eespoolnimetatud vendade teeninud: Jaan Koplik, J.Muggur, Jüri Kaups, Juhan Möhl, Johannes Lipstok (1923–1961), Gustav Nõlvak (1946–1983), Jüri Nõlvak (1972–1991), Eerik Rahkema (1992–2012), Eenok Palm (2012–2020).
